马清运生于1965年，1988年毕业于清华大学建筑系，并获建筑工程学士学位。次年赴美国费城宾夕法尼亚大学美术研究生院，攻读建筑硕士学位。成为继梁思成、陈植等建筑学前辈之后首位获奖学金就读宾夕法尼亚大学建筑系的中国人。马清运先生在宾夕法尼亚大学期间，曾获得Shenck-Woodman欧洲旅行奖。1991年毕业时获Frank-Miles Day荣誉毕业并取得建筑硕士学位。毕业后曾先后在费城Ballinger及纽约KPF任设计师、高级设计师，成为这两个建筑事务所的主要设计力量。在Ballinger期间，为该公司从服务型事务所转化为设计型事务所立下汗马功劳。在KPF期间成为该事务所早期东南亚工程事务的开拓型成员之一。1995年 在纽约成立马达思班建筑师事务所，该事务所作品以独创的风格和精良的设计受到建筑界的好评。实践经验跨越多种建筑类型，包括：文化教育、科研、办公、居住等。
马清运不但精于实践，并且勤于教育、研究。从1992年开始，马清运先生开始在宾夕法尼亚大学美术研究生院任客座教授，任James Corner教授景观及建筑工作室指导，成为该院的第一位华人教师。1995年任中国深圳大学建筑系客座教授及设计院院长助理。1997年成为宾夕法尼亚大学艺术研究生院的全职教师，任研究生主线设计工作室（core studio）教授及毕业论文的导师。马清运先生的学术兴趣集中于城市中的基因元素，都市与建筑的本体关系，快速建造及环境的中国性。指导过的研究生论文中有：Archote (微肤建筑)；Thin City（薄城）；C.C. Tokyo(密码城市东京)；Teheran: City of Antithetical Coexistence(德黑兰 对立共存); Picnolapse: strategy of lie(思维空白；撒谎策略)等有争议性又极富启发性的论文专题，并多次推荐宾夕法尼亚大学优秀论文奖。除宾夕法尼亚之外，马清运先生还多次被聘请到哈佛（Harvard）、贝尔拉格（Berlage）、康奈尔（Cornell）、潭普（Temple）、迈阿密（Miami）大学做设计评委及毕业答辩评委。
在费城工作期间，马清运更作为费城城市管理委员会公共艺术与建筑项目八人审查小组的一员，对费城城市公众投资项目进行各方面的评估及审查。
1996年，马清运参与并协助了国际知名建筑师Rem Koolhaas 在哈佛大学举行的珠江三角洲城市状态的研究，并成为Koolhaas先生《大跃进》(Great Leap Forward)一书的评论员（Commentator）
1997年马清运更被Rem Koolhaas推荐参加在法国蓬皮杜艺术中心（Pompidou Center）举办的题为"新世纪建筑的趋势"的演讨及展览会，成为21位世界范围内选择出的青年建筑师中唯一的中国人。作品在ARCHITECTURAL RECORD（美国）、A+U(日本)、SPACE DESIGN（日本）、BUWELD（德国）等国际性刊物上发表，并参加威尼斯双年展（Venice Biennale）、德国柏林Aedes East亚太周的中国建筑五人展等国际性展览。
2001年3月马清运在接待国际奥委会评估团对北京申办2008年奥运会评估考察工作中，是第二位发表演讲的陈述专家。马清运在对主题10"奥运村"进行的陈述中包括了北京城市发展原则、发展远景及奥运村规划等。此举为北京申办2008年奥运会成功做出了积极的贡献。
并在2003年，与荷兰大都会建筑事务所Rem Koolhaas合作北京央视大厦和北京CBD核心区。对北京CBD核心区的规划发展提出了独特有力的见解。
实践经历：
1990-1991 美国费城BALLINGER 建筑师事务所，高级设计师
1991-1995 美国纽约KPF设计师事务所，高级设计师
1997-2000 美国费城 Kling Lindquist 设计师事务所，高级设计师
1996至今 美国纽约MADA建筑师事务所
学术经历:
1991-1992 宾夕法尼亚大学美术研究生院景观及建筑联合(James Corner)工
作室客座指导
1995-1996 深圳大学建筑系客座教授
1997 美国费城Temple大学建筑工程系设计工作室指导教师
1997-1999 曾任不同学院的客座评委，包括哈佛GSD 学院和哥伦比亚大学。
1997-2000 宾夕法尼亚大学设计美术研究生院建筑系全职讲师，担任研究生
主线设计工作教授及毕业论文指导教师
2000 学访问学者
2001-2003 在接待国际奥委会评估团对北京申办2008年奥运会评估考察工作中
，作为主题10"奥运村"的陈述专家，为北京申办做出了积极的贡献
2002 南京大学客座教授
2003 荷兰Berlage 学院客座教授
教育经历:
1983-1988 北京 清华大学 建筑学学士
1989-1991 美国宾州 宾西法尼亚大学美术研究生院 建筑学硕士
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